부가가치세 납부 및 환급에 대하여

문) 저희는 재건축조합입니다. 조합에서 시공자에게 공사도급을 주고 시공자로부터 세금계산서를 발급받아오고 있으며, 조합에서 일반분양자에게 아파트를 분양하고 부가가치세를 받았습니다.

이에 따른 부가가치세 납부 및 환급에 대하여 알려주시면 감사하겠습니다.

답) ‘부가가치세’란 영리목적의 유무에 불구하고, 사업자가 독립적으로 재화(상품) 또는 용역(서비스)을 공급하는 경우, 이를 공급하는 과정에서 발생하는 부가가치(이윤)에 대하여 과세하는 대표적인 간접세입니다.

부가가치세는 간접세이기 때문에 재화 또는 용역의 최종적인 소비자가 이를 부담하게 되어 있으므로, 공급하는 사업자는 매출세금계산서를 통해 부가가치세를 전가하고, 거래징수하여 납부하며, 매입하는 사업자는 거래징수당한 부가가치세를 납부할 매출세액에서 공제하거나, 환급받게 됩니다.

즉, 부가가치세는 재화를 공급하는 자 기준으로 납세의무자, 과세대상, 과세표준, 세율 등의 과세요건 등을 판단해서 납부하는 조세인 것입니다.

1. 조합이 일반분양분 수입관련 부가가치세 규정

(1) 일반분양분 과세거래

재건축조합에서 재화의 공급은 주택과 상가이며, 매매대상은 토지와 건물로 구분하며, 건물은 국민주택 이하의 건물과 국민주택 초과건물 그리고 상가로 구분하게 됩니다.

(2) 일반분양분 주택과 세금계산서 교부

주택조합이 조합원에게 분양하는 것은 재화의 공급이 아니므로 부가가치세신고는 물론 세금계산서나 계산서를 발행할 수 없으나, 조합이 일반분양하는 것은 재화의 공급이므로 공급시기에 세금계산서와 계산서를 발행하여 교부하여야 합니다.

그러나, 일반분양자는 대부분 최종소비자이므로 세금계산서를 교부할 필요가 없으며 영수증이나 은행송금증으로 갈음하게 됩니다.

다만, 분양받는 자가 사업자등록증을 제시하고 세금계산서를 교부를 요구하는 때에는 세금계산서를 발행하여야 합니다.

①주택재개발조합이 최종소비자에게 주택분양시 영수증 교부여부

조합원지분을 제외한 잔여분을 일반인인 최종소비자에게 분양하는 경우 당해 주택의 규모에 관계없이 영수증을 교부할 수 있음(부가46015-2432)

②조합이 사업자에게 분양하는 경우 세금계산서 발행

조합이 조합원지분을 제외한 일반인인 최종소비자에게 분양하는 경우 영수증을 교부하여야 하는 것이나, 당해 공급받는 자가 사업자등록증을 제시하고 동법에 의한 세금계산서의 교부를 요구하는 때에는 세금계산서를 교부해야 하는 것임(부가46015-411)

2. 시공사매입관련 주택조합의 부가가치세 매입세액 공제

(1) 국민주택 건설 관련 매입세액

부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않습니다. 건물건축공사 관련 매입세액은 원칙적으로 공제가능 합니다. 다만, 면세관련 매입세액은 공제되지 않습니다.

건설회사가 주택조합에 재화를 공급하고 부가가치세를 과세하는 경우 국민주택건설용역에 대하여는 과세하지 아니하므로 주택조합입장에서는 국민주택건설을 위한 매입세액은 부가가치세를 부담하지 아니한다. 따라서 주택조합의 매입세액 중 국민주택 건설용역에 대한 매입세액이 없으므로 공제여부를 판단할 필요가 없게 됩니다.

(2) 조합원 분양 관련 매입세액

주택조합이 조합원에게 분양하는 것은 조합원이 최종소비자로서 직접 건설한 것 또는 환지처분이므로 재화의 공급에 해당하지 않습니다.

건설회사는 조합원분양 중 국민주택이하 건설용역에 대하여는 부가가치세를 과세하지 아니하나, 국민주택초과 건설용역과 상가건설용역에 대하여는 부가가치세를 과세합니다.

1) 조합원 분양 국민주택 초과 건설용역 매입세액

도시정비법의 관리처분계획에 따라 조합원이 분양받는 국민주택초과 주택의 경우에는 조합원이 최종소비자에 해당하므로 건축관련 매입세액이 공제 되지 아니한다.

2) 상가조합원의 건설관련 매입세액

조합이 조합원에게 분양하는 것은 재화의 공급에 해당하지 아니하므로 상가조합원의 경우에도 주택과 같이 매입세액이 공제되지 아니한다.

(3) 건설공사 매입세액 안분계산

건설공사의 매입세액은 매출세액이 과세되는 부분은 공제되고 매출세액이 과세되지 아니하는 부분은 공제되지 아니한다. 또한 조합원 분양부분은 원칙적으로 공제되지 아니하여 결국 조합 또는 조합원이 매입세액을 부담하게 됩니다. 건설공사의 매입세액은 과세되지 아니하는 국민주택 부분은 안분대상에서 제외되며, 과세되는 국민주택초과 및 상가부분에 대하여 조합원 분양면적과 일반분양 면적에 따라 안분 계산합니다.

부가세와 관련하여, 최근 대법원은 “중대형 아파트를 배정받은 조합원이 지불해야 할 부가세를 전체 조합원이 낸 것은 부당하다며 추가로 부담한 분담금을 돌려달라며 조합을 상대로 낸 분담금반환청구소송에서” 부당에게 부담시킨 부가세를 돌려줘야 한다는 원심판결을 파기하고 사건을 고등법원으로 환송하였습니다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009다84653 판결).

이는 종래 중대형평형에 배정받은 조합원들에게만 부과해야 하는 부가세를 전체조합의 예산에 포함시켜 이를 다시 전체조합원들에게 부담시키고 있다는 것이 논란이 됐던 것입니다.

위 대법원은 “부가세는 아파트의 신축과정에서 발생한 필수적 비용으로, 건축용역을 제공받은 조합은 시공자에게 지급해야 하므로, 부가세를 분양가격에 반영해 수분양자로부터 회수할 필요가 있다”며 “조합원 및 일반분양자가 부가세를 부담하지 않는다면 결국 조합이 부담해야 하는 만큼, 조합이 이를 대신해 부담해야 할 이유가 없다”고 판결하였습니다.

또한 부가세는 아파트의 분양가에 반영되어 분양수입금으로 회수되었다고 봄이 상당하다며, 재판부는 “부과세를 총사업비에 포함시킨 것만으로는 소형평형 조합원이 부가세를 부담한 것으로 볼 수 없다”고 판단한 것입니다.